北宋真宗时期，真宗皇帝受道士文彦博的蛊惑沉缅于炼丹修道、以图成仙。
辽军进犯，边关告急，真宗却隐身道观闭门修炼。在众贤臣良将的恳请下，皇兄八贤王率众臣破道观请求皇上临朝施政。但皇上却因绝因为长期绝食过于虚脱而难以临朝，八贤王只好代君理政。
真宗无子，奸臣庞太师和道士文彦博在皇上面前极力调拨，诬蔑八贤王有乘皇上无子、欲将自己的儿子立为太子的图谋。真宗听信谄言，遂对八贤王渐生戒心，将八贤王的一片忠诚之心误作谋篡之意。为了防止八贤王篡位图谋，真宗决定生子立继位，颁旨后宫嫔妃，谁先产子即立皇后。
真宗的宠妃刘妃一心想当皇后，但无生育能力。为阻止其他嫔妃怀孕生子，登上皇后之位，刘妃串通文彦博和太监总管郭槐，配制了一种避孕药汤谎称养生汤，强迫嫔妃在皇上临幸前服用。不服用者即被谋害。以至于后宫嫔妃众众，竟无一人妊娠。
一日真宗醉酒，来到刘妃宫内。适逢刘妃不在，性情之下将刘妃婢女李馨月纳幸，李馨月因此怀上皇上龙胎。刘妃知道后欲瞒着皇上将李馨月处死，八贤王和太监陈琳、宫女寇珠等人设计让皇上了解真情，皇上闻之大喜，封李馨月为贵妃。刘妃和郭槐并不死心，为取悦真宗对李妃百般殷勤，表面上和李妃亲如姐妹，骗取了皇上和李妃的信任。暗地里巧施毒计，百般加害，致李妃险象环生。但在忠臣良仆的护佑下，李妃得以逃过一次次劫难。
刘妃除李不成，然后又和太监总管郭槐密谋，诈称怀胎，瞒天过海。
李妃产子，被刘妃、郭槐及接喜婆尤娘子设计掉包，将一只剥皮狸猫换作太子，蒙骗真宗皇帝说李妃生下了一个怪胎。为了使皇上深信不疑，刘、郭在宫中制造数起杀人惨状，诬以李妃所产之妖孽兴风作浪，危害皇宫。
真宗被骗降旨追杀妖孽，并将李妃打入冷宫。
刘妃和郭槐的阴谋被狡诈阴险的庞太师窥破，恰逢庞太师有一小妾将要临产。庞太师要挟刘妃，要求刘妃将其小妾所生之子送入宫来权作刘妃所生，然后立为太子，这样刘妃就可以堂儿皇之地登上皇后宝座。刘妃虽然不甘愿，但此时也正为腹中无物而犯愁，既怕欺君之罪败露，又极力想当皇后。无奈之下刘妃接受了庞太师的计谋。
刘妃派郭槐负责送庞太师之子进宫的秘任。在庞太师和刘妃做着太子与皇后美梦的时候，郭槐也在筹划着自己的阴谋。他想到了自己的胞弟郭林妻子已怀胎数月，不久也要分娩，于是也打起了立自己侄儿为太子的主意。但弟媳怀胎尚不足月，为了能让郭家窃取大宋江山，郭槐不异剖其弟媳之腹而取其子。在送庞太师之子进宫途中将庞太师之子杀死，让自己的侄儿取而代之。一切做的天衣无缝，既骗过了庞太师也瞒过了刘妃。
刘妃生子，真宗大喜，遂颁旨封刘妃所生之子赵青（郭槐的侄儿）为太子，封刘妃为皇后。
郭槐令宫女寇珠将李妃所生之子溺死，寇珠于心不忍，将李妃之子藏匿起来，并告知太监陈琳。陈琳和八贤王极力保护太子，陈琳冒生命之危谎称皇上给八贤王送礼，将太子装入礼盒护送出宫。郭槐闻讯，追赶陈琳，并骗取皇上追杀旨令。陈琳无奈，只好半途将王子藏于张员外家的水塘中，郭槐追至张员外家，将张员外初生之婴杀死，又将其家人全部杀死。为防疏漏，郭槐又撺掇庞太师将城中新生婴儿斩尽杀绝。庞太师不知郭槐用意，只想着自己的儿子已经当了太子，真太子倘若活在人间，无疑会给自己的儿子造成威胁，于是听信郭槐之言，大肆追捕，滥杀无辜。老奸狡诈的庞太师万万也没想到，自己的儿子早已不在人世，还丧心病狂地为郭槐去杀人作孽。
李馨月虽被打入冷宫，但仍不能解除刘妃等人的后患之忧，刘妃和郭槐再次设计蒙骗皇上，陷害李妃。危急时刻，李妃在八贤王和陈琳及几位忠义太监舍身掩护下，逃离杀虐。
真太子生死不明，李妃又逃离出宫，着实让刘妃、庞太师和郭槐等深感恐惧，更让他们不安的是接喜婆尤娘子也巧言打动皇上，得以出宫。为了阴谋不至败露，庞太师和郭槐不择手段，明查暗访以图找到真太子、李妃及尢娘子的踪迹。并将江湖恶人江中鹤纳入帐下为其鹰爪，疯狂追杀。
太子被陈琳藏于张员外家的池溏，郭槐杀了张员外家欲再搜查，恰遇少女百合路经此地，百合救下池溏中的婴儿。百合怜爱太子，然而却不知婴儿的身世和婴儿周围有多少凶险。百合年幼，不谙江湖险恶，又兼刚正率直，好打抱不平，无意中暴露出蛛丝马迹，被庞太师和郭槐派出的密探发现。庞太师、郭槐追杀百合，百合屡遭险，又屡被展昭施救锴解。百合由于误会其父之死是由展昭所杀，对展昭充满了敌意，虽被展昭所救，终不领情。百合带太子离开展昭投奔自己的姑妈家，被庞太师跟踪而至，将百合姑妈家满门杀绝。李妃与寇珠也在郭槐及江中鹤的追杀之下，投入江中。一时间杀风暂息。
八贤王向皇上禀报李妃和太子的遭遇，但受奸佞的蛊惑下，真宗皇帝不但不予昭雪奇冤，还斥责八贤王干扰朝政，限制八贤王的行动。
立了太子，真宗皇上又在文彦博的蛊惑下疏于朝政，沉于修炼。刘妃也稳坐皇后宝位，君临后宫。太子赵青也逐渐长大，但他的愚笨木讷却令刘皇后十分厌恶。
十二年后，庐州辖地有一蟊贼窃得一枚玉麒麟，送珠宝商行拍卖。此玉件为皇赐李妃母子之物，它的面世引起刘皇后、庞太师和郭槐的注意，即令追查。得知李妃和王子还在世上，且就在庐州地界，于是杀风又起。
原来，百合姑母全家惨遭不幸时，百合和王子因外出幸免于难，庞太师鹰爪所杀之人是百合的表姐和表弟，因二人的年龄与长相与太子和百合相仿，所以庞太师及杀手误以为百合与太子已被诛杀。同样，李妃和寇珠投江后也为人所救，死里逃生，流落民间。
新科状元包拯钦差邓州放粮，秉公执法，惩治权贵，政声鹊起。包拯深受皇上青睐，欲委以重任。然而包拯却坚请司职庐州县令。皇上允诺。包拯临行前，八贤王向其讲述了十二年前宫中狸猫换太子的奇冤，让包拯留意查找。于是，包拯、八贤王与刘妃、庞太师、郭槐展开了一场复杂曲折、惊心动魄的追查与反查，滥杀与保护的斗争。
百合也长成了婷婷少女，时间和真象化解了她与展昭的恩怨，两人情投意合，相伴驰骋江湖，一同匡扶正义。
在八贤王的劝说下，真宗皇上渐渐地想起了十多年前的李妃母子，并开始质疑当年这桩宫案。刘妃、庞太师、郭槐为了掩盖罪证，再次设计欺蒙皇上，并骗取皇上的追杀令和免死令，为其大肆追杀提供了条件。
郭槐的弟弟郭林夫妻十分想念自己的儿子，恳请郭槐带他们去宫中见见自己的儿子。郭槐执拗不过弟弟及弟媳，将二人扮作宫中御厨进宫见赵青。被八贤王发现，八贤王派人跟踪查访，即将露出端倪时，郭槐差人杀了自己的亲弟弟和弟媳及大侄儿全家。又用计将杀弟全家的凶手全部毒死。八贤王又闻庞太师的小妾因失子而变成了疯子，派人化妆查访，发现庞太师小妾失子十分蹊跷，正要进一步查明，又被郭槐抢先将庞太师小妾杀死。八贤王昭雪宫中宫中奇冤的努力再度陷入困境。
八贤王的追查让刘皇后对太子赵青的身世产生了质疑，刘皇后追问郭槐，郭槐向刘皇后道出了实情。刘皇后欲斥郭槐，郭槐却抓住刘皇后的弱点反制住了刘皇后。从此刘皇后即被郭槐所控制，不得不听命于郭槐。郭槐又阴阳兼施，在皇上面前，装出十足的奴才相，对刘皇后俯首贴耳。背后则根本不把刘皇后这个皇后放在眼里，奚落、折磨、摆布刘皇后，凌驾在刘皇后之上。
接喜婆尤娘子逃出宫中后，隐名埋姓嫁给了富商木员外，深居简出过着平静的生活。12年过去了，尤娘子似乎也放松了警惕。一天尤娘子和其夫木员外外出巧遇乔装追杀太子及李妃的郭槐。郭槐尾随而至，血洗了木员外一家。并拿尤娘子养子的生命要挟，逼尤娘子说出李妃所生太子的特征。尤娘子带着郭槐所派的太监查找太子，尤娘子带着太监来到庐州县衙，突然击鼓喊冤，脱离了郭槐的魔掌。
包拯经过曲折的过程找到了寇珠和李妃，通过寇珠和尤娘子知道了原来跟在自己身边的侍童、十多年前嫂娘救下的弃婴丛婴就是他踏破铁鞋寻找的太子，就在包拯要见王子时，发现丛婴不见了。原来丛婴被庞太师安排包拯府中的耳目出卖，幸亏百合、展昭及时赶到，才使太子丛婴幸免于难。
为防李妃遭庞太师的暗算，包拯将神志不清的李妃安置在陈大夫家。庞太师查到了李妃的下落，派江中鹤等人追杀。包拯率王朝、马汉、展昭、百合前去救援。江中鹤等人抢先一步，劫走了李妃。又在陈大夫家掳去太子丛婴，威逼包拯。百合为救丛婴和包拯不幸遭江中鹤刺杀，展昭见状跃去相救，但为时已晚。百合欣慰地在展昭怀中逝去，展昭痛苦万分。
展昭为百合报仇，杀了江中鹤等杀手。帮助包拯护送太子、寇珠及尤娘子进京，面见圣上，昭雪沉冤。
见大势已去，庞太师和郭槐密谋勾结辽国攻打大宋。郭槐带着庞太师管家庞飞一同北上。临行前庞太师密嘱庞飞，事成之后杀了郭槐，再嫁以勾结辽国之罪。然而郭槐却更狡诈，庞飞不但没杀掉郭槐反被郭槐所杀。
阴谋败露，庞太师歇斯底里，郭槐劝说庞太师弑真宗以使太子及早即位。蒙在鼓中的庞太师还以为太子赵青是自己与小妾所生之子，认为杀了真宗拥立太子继位确实是上策，不惜铤而走险，答应郭槐行剌皇上。螳螂在前黄鹊在后，在庞太师即将弑君之时，郭槐赶来杀了庞太师，骗得皇上的信任。但郭槐却在药中下毒谋杀皇帝，逼其颁旨让其侄儿赵青及早即位，皇帝临死前终于明白了刘皇后、庞太师、郭槐等人的阴谋，但已无能为力。
关键时刻八贤王与包拯及时赶到，拨乱反正，拥立丛婴继承皇位。一桩千古奇冤终得昭雪，但受尽磨难的李妃依然流落民间，这将是丛婴这个大宋新皇帝的一块心病。
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