1946年夏初，国民政府在南京市民的欢呼声中还都南京。饱经日本侵略者蹂躏和摧残的中国人民写下“万人血书”，要求政府将南京大屠杀的凶手押回首都审判惩处。
中国政府随即成立了以董玉清中将为总督察、军法司司长钟杞达为总指挥的“战犯引渡审判办公室”，并派出专使飞往东京，向盟军总司令部提出郑重要求。美方最终同意将乙级战犯、原日军K师团师团长石岩夫中将引渡给中国。这引起了石岩夫K师团残部的河野满、铃木杏等死硬分子极大恐慌，他们准备不惜一切代价救回石岩夫。
专使马昀飞看似年轻毛躁，实际是身份即将暴露的中共地下党员。在返回国内时，他巧遇河野满一行在成田机场武装打劫石岩夫，并且协助傲慢的美方人员挫败了河野满等的企图。在随即遭遇的大连机场的险情中，马昀飞更责无旁贷地参预到押送战犯的过程中，赢得了美军的尊重。马昀飞因此被任命为特勤小组组长，负责押送战犯到京。他的四位组员分别是，孟凡斌，彭易泽、鲁一平，何尖。
在押送战犯乘坐海轮前往天津的途中，马昀飞再次与K师团残部相遇，并挫败了他们。国防部接收战犯专员钟岂达赶到天津，坚持公开召开记者招待会。同时到津的还有《首都时报》记者身份董丽娜，她是董玉清失散十年刚刚失而复得的女儿。
当晚在举行的记者招待会上,又遇险情。女记者董丽娜被日方利用，充当了一回“枪手”。在盘诘董丽娜时，马昀飞才知道，董丽娜是是董玉清的女儿，自己的小学同学。董丽娜不顾马昀飞断然拒绝，一路跟上了特勤小组。
马昀飞秘密决定连夜改乘火车南下，脱离险境。不了车中遇到有人给石岩夫的饭中下毒。特勤组十分纳闷，很显然有人想杀死石岩夫。
火车在方庄站遇阻，前方大桥被洪水冲垮，马昀飞和副组长孟凡彬及时向南京报告，使乘坐的包厢被摘钩拉到编组站待命，刚刚撤离，他们的包厢就被炸弹炸得粉碎。马昀飞与孟凡彬开始怀疑内部有问题。
特勤小组偷来吉普车，冒雨连夜向西出发。在天亮时到了何尖的老家杨家店。族长杨老霖起先热情相待，可当得知南京大屠杀的凶手就在眼前时，他和全村老少要求留下石岩夫祭奠死于日军屠戮中的乡亲。特勤小组拒绝后，全部被村民绑了起来。关键时刻，董丽娜慷慨陈词，化解了危机。
特勤小组再次上路，他们穿越沼泽，数次和K师团残部以及不知名的追杀力量交战，由于去南京的道路被洪水阻隔，只得转向武汉。
到达武汉后，石岩夫被押进汉口小南门看守所。翌日晨，在看守所长毕尚清出现寻衅后，石岩夫突发心脏病猝死，马昀飞等大为沮丧。从死尸拉往太平间的脚型上，马昀飞看出了破绽。终于在太平间找到被掉包复活的石岩夫。
特勤小组在董玉清的命令下秘密登上江轮回京，驶向下游时，马昀飞发现船上黑影幢幢！在掩护众人下小艇撤离后，他独自留下排除炸弹，化险为夷。与战友们会合后，他们租了一艘驳船顺流而下。夜航经过葫芦口地带时，特勤小组再遭毁灭性袭击。石岩夫乘双方战斗中跳下江水逃窜，却反而引来对方射击，彭易泽将他掩护抢回，自己中弹牺牲了。
芜湖苇岗，石岩夫再次逃跑。在追捕到石岩夫的江滩上，他们遇见一个黑衣人——当年马昀飞父亲马震东的贴身警卫。从他口中，特勤小组得知了“苇岗保卫战”的真相：在K师团的包围中，董玉清中了石岩夫的亲情计投降，三百壮士成了731细菌部队的“马路大”（试验品）……
在此后的路程中，特勤组不仅要和日本人周旋，还要随时保护石岩夫不被国军内部的人杀死，而特勤小组内部也有人想置石岩夫于死地，包括已经牺牲的彭易泽，连女记者董丽娜的身份也变得可疑……
鲁一平和何尖先后牺牲，就在石岩夫马上要被押回南京的时候，他的“老朋友”董玉清亲自出马，杀死了假冒的记者女儿，自己也被马昀飞开枪打死。
同时孟凡斌接到钟岂达的命令：逮捕地下党马昀飞。经过一路的战斗，孟凡斌已经深深受到马昀飞的影响，最终放走马昀飞，一个人带着石岩夫向钟岂达复命。
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