在C.E.73年尤尼乌斯7号坠落后地球的动乱时期（时间为《机动战士高达高达SEED DESTINY》第7话“混迷の大地”），各大军事组织试图趁势对外的侵略和所采取的行动。剧中最为活跃的是所属地球联邦军第81独立机动群的“幻痛”部队，小队由三架主战机体“漆黑强袭高达”，“蔚蓝决斗高达”和“翠绿暴风高达”及若干“GAT-01A2R 105 Slaughter Dagger”量产机组成，该小队转战各地都获得了不错的成果。另一面的主线剧情与建立在宇宙的中立科研组织“D.S.S.D（深宇宙探查开发机构）”相连。该组织在开发“GSX-401 FW”机体上取得了显耀成果而被专门执行“肮脏任务”的幻痛部队盯上，试图抢夺此机体。开始上演着“D.S.S.D”与“幻痛”对抗的平民反暴事迹。