春天，诚凛高中篮球社正迎接新进社员。主将日向和教练里子最关注的，是从美国回来的大个子“火神大我”，以及毕业於国中篮球界王者帝光国中的黑子哲也。在小比赛里，火神马上展现出压倒性的存在感以及天赋的才能。另一方面，黑子的存在感则薄弱到没有人注意到他的存在。但是黑子其实擅长利用自己的低存在感，使用misdirection的手法，传出看不见的传球，原来他就是帝光国中“奇迹世代”的梦幻第六人！

黑子与火神认同了彼此的实力。虽然黑子说要成为火神的影子，让诚凛成为日本第一，但是相对於“奇迹世代”各自进入篮球名校，黑子会选择去年才成立的诚凛高中，有他自己的原因。同时间，诚凛确定要与“奇迹世代”成员黄濑凉太就读的海常高中进行练习比赛。诚凛队员正鼓起士气时，黄濑本人以找黑子打招呼的名义出现了。等不及比赛的火神找上黄濑一对一斗牛，但是……

诚凛与海常的练习赛开打了。海常教练夸口练习赛只是用来当做先发球员的轻微调整，又保留王牌黄濑不上场，惹得诚凛全队爆怒，火神还把篮框灌爆了。看过一次就能完美再现球技的天才黄濑上场後，马上模仿了火神的灌篮，火神也随即回敬一球，因此比赛从一开始就像是没有防备的互殴一般，成了一场得分大战。在暂停时间里，黑子和黄濑都对自己的队友提出了对方的弱点……

进入第2节，诚凛逐渐拉近比数。黑子与火神联手进攻，让球队的攻击模式增加，而且即使天才黄濑具有极高的身体能力，存在感低到极限的黑子也是他唯一无法模仿的对象。黑子在意外状况下退场，但是队长日向以及2年级队员仍全力应战。之後黑子回到场上，终於将比数追平！这时候，黄濑的眼神明显改变……他真正的实力终於爆发？

诚凛与海常的练习赛，因为火神戏剧性地灌进致胜压哨球，最後由诚凛获得胜利。远离欢庆胜利的诚凛队员，在悔恨落泪的黄濑眼前出现的是，“奇迹世代”的No.1射手，现在就读秀德高中的绿间真太郎。因为秀德会在地区大赛中对上诚凛，所以绿间前来侦查。但是他对於比赛中的灌篮竞争，以及黑子进入无名新学校的选择，都显露出单方面的厌恶，并在发下不可能输给诚凛的豪语後离去。与绿间告别後，黄濑决定去找黑子。

全国大赛预赛近在眼前。在同地区最大的敌人，是去年打进全国前八强，今年网罗到“奇迹世代”绿间的秀德。为了在淘汰赛决赛中击败秀德，晋级决胜联赛，诚凛进行了远超乎以往的猛烈练习。尤其是去年以新学校队伍来说打出优异成绩，却在最後一步错失全国大赛出场资格的日向等2年级生，更是鼓足了干劲。士气高昂的迎接第一战。对手是在身高2公尺的塞内加尔留学生--帕帕加入後，一口气跃升为强队的新协学园。

被新协的2公尺长人选手帕帕当成小孩的黑子连续抄截，让球队在第一节就成功将比数大幅拉开。接下来的第二节是火神与帕帕直接对决。虽然帕帕斗志高昂，但是火神以更胜一筹的气势压制住他，诚凛漂亮的打赢第一战。另一方面，“奇迹世代”成员绿间所属的秀德从首战就使出全力。绿间那百发百中、只要姿势不走样就绝对会命中的射篮大爆发，显现出绝佳状态。

全国大赛预赛开始，诚凛一路打进准决赛。对手是与网罗到绿间的秀德齐名，也被称为东京王者的强者--正邦高中。对日向和其他2年级队员来说，是去年惨败的对手。2年级学长为了超越过去，下定决心求胜的姿态，让黑子与火神重新认知到“想打赢比赛”。可是开赛後，面对正邦融合古武术动作的压倒性防守能力，诚凛一直无法得分……

全国大赛预赛的准决赛，秀德保留绿间战力，以游刃有馀的态度确定晋级决赛。另一方面，挑战王者‧正邦的诚凛，靠著火神的灌篮与黑子的传球，让第一节以同分收场。可是与正邦黏人防守奋斗的火神，在第二节就被设计拿到第四次犯规。诚凛看来面临了最大危机，但是队长日向一脸冷静，说要把火神还有黑子换下场。诚凛2年级队员的眼中充满了决心。

准决赛，王者正邦与诚凛之战进入最後关键时，黑子再度回到场上。2年级学长的气魄，加上黑子与火神这些学弟对学长的敬意，让全队团结一心，严重威胁正邦。不过正邦也展现王者尊严，一步也不退让。白热化的比赛最後出现戏剧性结尾，由诚凛获胜。短暂休息後，与绿间就读的秀德展开决赛。开赛後双方互不相让，进入均衡状态。率先得分，掌握比赛主导权的会是哪一队？

虽然诚凛先被拿下分数，但是马上由接下黑子那回转式超长距离传球的火神还以颜色。诚凛靠著这招，间接封锁了绿间的超高导弹三分球。接著秀德换成高尾防守黑子，而且高尾成功阻止了黑子与火神过去无往不利的合作进攻。其实高尾拥有视野比诚凛的伊月更广、可以综观整个球场的鹰眼，是黑子的misdirection无法发挥效果的对手！

不只是从中场，甚至从己方篮框附近都能投球得分的绿间，气势锐不可当。第2节结束，诚凛被拉开将近20分。黑子的misdirection被高尾封锁，只能在场边观战。日向等人拼命保持专注，努力追赶秀德，却一直找不到突破口。这时候，火神想到黑子即使坐板凳也不放弃的精神，决定就算不靠黑子或学长帮忙也要获胜，发挥出天赋的才能，展现压倒性的存在感！

决赛终於进入第4节。做好准备再度上场的黑子，继续受到高尾严防。可是黑子已经有了应对策略。另一方面，火神的体力也快到极限了，最多只能再跳2次。精疲力竭的状态下，终於在还剩2分钟的时候追到跟秀德只差一分。是秀德会拉开比数，还是诚凛会追过，划分命运的暂停…秀德决定将之後的进攻全交给绿间。诚凛也决定赌在队长日向的三分球上。比赛会有何结果…

激战之後，诚凛打赢秀德，晋级全国大赛预赛的决胜联赛。一行人在回程时休息吃饭的店里，巧遇秀德的绿间与海常的黄濑等人，还突然决定收留黑子捡来的小狗“哲也2号”。大家为了准备决胜联赛不断特训，这天在泳池练习时，决胜联赛的对手桐皇学园的经理、自称是黑子女朋友的桃井跑来找黑子，同时间，一样念桐皇的“奇迹世代”王牌青峰大辉，出现在进行个别训练的火神面前！

即使决胜联赛即将开打，桐皇学园的王牌青峰还是我行我素的翘掉练习。面对反弹的队员，主将今吉以青峰强到像犯规的实力，以及桐皇不倚赖团队合作的原则劝退他们。另一方面，与青峰一对一斗牛惨败的火神，从黑子口中听说青峰过去曾比谁都喜爱打篮球，之後却改变的事情，再度立誓要打赢比赛。接著到了比赛当天…桐皇的休息区竟然不见青峰的身影。

在青峰尚未抵达的情况下，桐皇与诚凛的比赛开始了。即使青峰不在，桐皇仍以主将今吉为中心，靠队员的个人技巧展现出全国水准的坚强实力，而诚凛也以团体进攻对抗。可是桐皇的经理桃井凭藉压倒性的情报收集能力，以及根据现状推断成长性的分析力，甚至将诚凛首度运用的合作进攻都挡下了。桃井打算封锁诚凛的攻势…但是她唯一无法预测的就是黑子的行动！

第2节剩下30秒，诚凛还落後10分的时候，青峰来了。青峰打算一边热身一边轻松取分，马上展现出高超球技，但是黑子&火神也立即应战、毫不退让，引起会场观众惊叹。面对比想像中更有战力的诚凛搭档，青峰开始有了干劲，打算在下半场认真打。另一方面，诚凛让misdirectio效果减弱的黑子下场休息，决定赌一把让火神去压制青峰。接著下半场开始，青峰终於彻底认真起来了！

青峰无视一般理论的街头篮球打法，让诚凛束手无策。虽然火神拼命追赶，还是被青峰轻易超越，慢慢把比数拉开。再被拉开比数就无法翻身的诚凛决定派黑子上场，靠传球攻势拉近比数。但是，国中时最常接黑子传球的青峰，看得到黑子的传球。青峰展现自己抄球又连过五人的超强本领技压诚凛後，对黑子说：“你的篮球是赢不了的”。

诚凛以压倒性的比数败给桐皇。虽然大家在接下来的两战使出全力，但是被青峰彻底击败的黑子陷入低潮，加上脚伤恶化的火神无法上场，最後吞下连败…诚凛在高中联赛的挑战结束了。可是那也是以冬季选拔赛为目标的新挑战的开始。只是青峰造成的影响让黑子与火神产生歧异。现在这样是赢不了的… 在两人各自烦恼时，诚凛高中篮球队的创立者兼王牌木吉，出院归队了！

才不是“想”成为归队的木吉，一出现就要求和火神一对一较量，还只派黑子、火神及一年级队员和较弱的对手进行练习赛，就像是有什麼企图。木吉的目的，是让败给青峰之後开始单打独斗的火神注意到团队合作的重要性…本以为是这样，结果他完全不担心火神，真正的目的是让黑子发现目前篮球风格的极限。这时候，黑子告诉日向，希望退出先发名单。

为了让自己变得比现在更强，结合更大的力量打倒“奇迹世代”，黑子与火神有著共识，以冬季选拔赛为目标的新挑战开始了。里子那被视为夏季集训最大难关的绝望级厨艺，也在火神的指导下勉强改善後，海边的夏季集训开始了。为了提升每个人的动作精准度，诚凛要达成比平常多三倍的练习。而第二天早上，竟然在民宿遇到绿间和秀德高中的人。原来他们也是住在同一间民宿！

地狱般的夏季集训，诚凛与秀德进行了共同练习。为了对抗“奇迹世代”，独自做特别练习的火神打算加强空中战的能力，却在与绿间的一对一比试中彻底败北。但是这也让火神发现输的原因以及今後的目标。看到这样的火神，黑子也努力找出自己的新风格。 　　结束集训的诚凛，决定直接去看全国大赛。对战学校是海常VS桐皇，“奇迹世代”的冲突，黄濑VS青峰的决战开始了！

海常VS桐皇的比赛，由“奇迹世代”成员黄濑与青峰的对决揭开序幕。青峰压制黄濑的进攻，让桐皇抢得先机，而海常也以队长笠松为中心展开反击，一来一往互不相让。处於劣势的黄濑，在多次交手之後终於成功阻挡青峰，第一节就在海常领先的状态结束。可是进入第二节後，开始发挥实力的青峰，彻底压制黄濑，把比数渐渐拉近！

即使是只要看过一次就能完美模仿球技的天才‧黄濑，也无法模仿青峰独一无二的打法。可是，为了战胜青峰，黄濑还有海常选择挑战模仿青峰。虽然比数追到了9分的差距，但是还要一些时间才能完全模仿。接著迎来的第三节，黄濑比桃井预测的还要更快逼近青峰，但是青峰也毫不退让。背负著初次感觉到的团队情谊与信赖，天才‧黄濑终於觉醒了！

帝光中学中学篮球部，部员一百余人全国联赛三年冕的超级豪门，在其光辉历史中有五个十年难遇的天才，他们被称为“奇迹的世代”，但有一个奇妙的传说，谁都未知晓也没有上场记录，即使如此，仍让五个天才也不敢小看的一个人，他就是幻之第六人，本作的男主角黑子哲也。