人人都使用名为“NeuralLinker（神经连结装置）”的终端设备连线，生活的大半时间都建构在网络世界的不远未来。因为身材肥胖而受到欺凌的学生春雪，过著一边诅咒现实，一边躲在校内网络一角提升自己壁球游戏的分数最高纪录的日子。某天，美丽的副学生会长黑雪公主突然出现在他的面前，留下了谜一般的话语：少年，想不想“加速”到更快的境界？接受黑雪公主邀请的春雪，使用有线连接通信下载到名为“BrainBuster”的程式。此靠着NeuralLinker的量子接续作用，拥有能够提升思考速度一千倍的效用。成为“BusterLinker（超频连线者）”的春雪，操纵著自己的角色，投入战斗之中。

春雪在上学途中意识到自己成为了BusterLinker，并以现实世界为舞台进行了格斗游戏。春雪应承黑雪会一直留在BrainBuster中。在黑雪的建议下，春雪进行了自己的首次战斗：对战Lv2的AshRoller，并获得了首次胜利。

黑雪带春雪来到咖啡厅，向春雪讲述BrainBuster创造以来升级条件的严苛，使用者必须从出生开始便佩带神经连结装置，并提出，自己便是当年纯色六王中的第七王：黑之王，其提出七人之间应互相战斗，最终自己不敌其他六人被强制登出，成为加速世界里最大的背叛者。放学后，春雪与拓武谈起了剑道大会，晚上春雪去找千百合调查，却意外与小千谈了起来。

来到学校，春雪就被围堵采访。放学后遇到黑雪，告知他通过与小千直连查出了小千并不是CyanPile，而是对方通过病毒才会从小千所在坐标出现在对战场地。突然出现的失控汽车令二人手足无措，最后通过黑雪的最强加速能力，春雪得救，而黑雪则倒在血泊。春雪发现，阿拓就是那个通过小千进行超频连接的人。

阿拓与春雪同时进行了超频连线，两人进行了对决，春雪濒死之际，他发现了自己的隐藏能力：飞行系，成为了金属色里面唯一具有飞行能力的。同时黑雪展示出自己是黑之王，并宣告她的军团即将觉醒。

拓武与剑圣的手下进行了必败的战斗，最终BlueKnight剑圣决定将其丢入传送门。春雪到医院看望黑雪，两人闲聊起来，说起小千，阿拓的事情，以及将要升到Lv2的目标。在与阿拓的合作下，春雪终于升到Lv2。春雪失误将点数用于提升等级，经过两人协商，春雪决定不借用阿拓的点数。春雪找到了Lv1等级的保镖，并在餐厅，两人见了面。

春雪与AquaCurrent见了面，两人选择了与其等级差3级的对手进行了对战。阿拓与黑雪进行了实战，黑雪问起阿拓没有参加剑道大会的原因并责备他。经过一番努力，春雪二人终于获得了胜利，却被卡莲强制进行了对战，当卡莲说只是玩笑，春雪吓了一跳，随即被剥夺了当前的记忆。

为了扩大黑暗星云的领土，到达Lv4的春雪进行了对自己的特殊训练。超频连线者ScarletRain通过与春雪接触打算接近黑暗星云，对黑雪汇报得知，ScarletRain就是二代的红之王本人。两人交战，春雪败北，应红之王要求，答应其安排她与黑雪在现实中见面。

在屋顶，春雪黑雪二人与阿拓讨论红之王即将要对付他们的策略。红之王本命上月由仁子，在四人互相进行了自我介绍后，红之王吐露出不惜舍弃200多点数来接触春雪的SilverCrow的原因是在两年半前众人均知晓的灾祸之铠ChromeDisaster又再度出现，通过直连三人观看了黑雪的记忆影像，而第五代灾祸之铠的出现使得红之王不得不要借助春雪的飞行能力。

众人决定主动出击寻找灾祸之铠ChromeDisaster，约定放学后在春雪家集合，并由仁子在家安排计划。在屋顶上的谈话，春雪了解BrainBuster获得者是通过上辈给予安装，并追问黑雪的上辈，获知黑雪憎恨其上辈，且不希望春雪知道，上下辈之间的情感会直接影响到使用者的现实生活。春雪，黑雪，仁子，拓四人开始了对ChromeDisaster的讨伐，来到池袋，众人被黄之王军团包围，仁子猜出黄之王YellowRadio就是所有阴谋的首脑。

在黄之王的必杀技下，阿拓舍弃自己保护了春雪三人，在黄色军团的围攻下，即将力竭的春雪呼唤着黑雪，黑雪终被唤醒，展现了黑之王强力的攻势，与春雪仁子配合下，两位Lv9的王展开了生死的对决。就在即将分出胜负的时候，不可思议的事情发生了。

残忍的灾祸之铠ChromeDisaster出现并吞噬着肆意破坏，黄之王见势马上撤退，春雪觉醒，帮助黑雪对付ChromeDisaster，却反遭仁子暗算。黑雪告知，仁子并非背叛，只因为是CherryRook的下辈而闹别扭。春雪救出仁子，并义无反顾的打算压制CherryRook，让仁子对其进行处决攻击。最终，春雪打倒了灾祸之铠。

春雪和阿拓给千百合安装了BrainBuster，晚上春雪与千百合进行了直连。在新生入学的朝会上，作为副主席的黑雪在致词时发现新生中存在超频连线者，在超频连线中，春雪与拓看到了千百合的全新人物LimeBell，见证了LimeBell的稀有治愈能力，黑雪告诉春雪要对此进行保密工作。

春雪和阿拓发现新生能美征二是一个超频连线使用者，并借助加速能力赢得剑道大赛校冠军。春雪潜入沐浴室打算与能美强制直连，却发现进错浴室，尴尬地被小千拉进淋浴间以避免被人发现。下课后，春雪收到能美的邀请，两人见面春雪知道自己中了能美的圈套，此时千百合出现，能美以手中证据要挟春雪和小千为自己赚取点数服务，并强制与春雪开始了对战。

与能美的对战进行到了后期，能美使用了必杀技夺取了春雪的翅膀飞行能力，春雪因此失败。再次与摩托车英语男Ash对战时，Ash劝说春雪不要放弃，并叫他晚上9点上线到无限中立空间。在Ash带领下，春雪来到了中立空间见到了其上辈SkyRaker。

看过SkyRaker轮椅的特异功能后，春雪请求SkyRaker小姐指导自己恢复飞行能力，夜里，SkyRaker对春雪讲起了自己的故事。第二天，SkyRaker对春雪的Crow进行了艰苦的心念训练，日复一日的练习，到了第七天，春雪终于回到了住所，并得知SkyRaker是请求BlackLotus斩断自己的双脚。在练习中，春雪的战斗技巧不断进步。带有义肢的SkyRaker在现实中通过直连给了春雪“疾风推进器”。

春雪答应SkyRaker要借助她的意志重新开始，即使夺不回翅膀，也要打败DuskTaker。黑雪对春雪发来视频邀请，春雪怕黑雪会为自己担心，没有将事情告诉黑雪。阿拓在一年级的学力测验中与能美发起连接对战，但最终能美以绝招心念系统取胜，春雪拜托能美要以自己的点数换取阿拓即将被夺取的点数，在阿拓点击确认后，春雪利用疾风推进器对能美进行了反击。在获胜之即，千百合对能美进行了复活。

黑雪在冲绳遭遇到了BusterLinker的对战，遇到的却是两个本地的两个天真的小女孩，她们不敌BlackLotus，约见黑雪在现实中见面，并请黑雪与其师父相见。闲聊之余时间已经过了很久，黑雪回到住所，等待已久的小惠感到很伤心，黑雪对其坦白除了现实世界以外还有另外一个世界。在无限连接后，黑雪见到了阔别已久的“红钉”。

黑雪与红钉三人遇到神兽级饲养公敌SulfurPot并与其交战，在卓越的作战环境下，红钉变身成了高达机器人，但却被敌人的双重必杀技击破。小惠找到黑雪所处位置通过连线加入了无限超频。使用了强制变迁技能后，众人击败神兽公敌。在红钉的来信中，黑雪得知了“组织”使用的作弊手法，并预言将要与其交战。

回到了春雪等人的对战现场，千百合使用技能将能美复活，阿拓莽撞的进攻使得其自取灭亡，拥有心念系统的春雪自我暴走，对能美展开强攻，但时间归零，春雪回到运动场上。询问小千后，千回答是自愿与能美合作，春雪决定与拓一查究竟。春雪做了噩梦，打电话给黑雪倾诉。回到学校，春雪才知道摄像机的事件被曝光，春雪遭到不少同学的殴打，但春雪下定决心决不为所动。

春雪约见仁子与阿拓在现实中见面。仁子带领二人进入无限超频对其传授心念系统的技巧，拓向春雪交代曾经被剑道部欺凌，然后与仁子二人开始练习心念技巧。春雪醒来后被叫到后门出去，发现蛋糕店原来是红色军团的据点，随即春雪来到了黄色军团归属地秋叶原开展了对没有出现在名单上的BusterLinker的调查。

春雪与BloodLeopard进行组队充当诱饵打算捕获RustJigsaw，BloodLeopard告诉春雪要尽量隐藏心念系统，春雪这才知道心念系统存在的正反两面性，正在谈话之余，Jigsaw上钩并向二人发起对战，两人凭借出色的配合完胜对手，并在现实生活中看到了Jigsaw，但却跟丢了目标。凭借千百合治愈术的辅助，能美二人获得了100%的胜率。经调查得知能美脑内植入芯片非法连线的真相后，能美提出对能美的挑战，并接受能美提出中立区决斗的条件。

接受能美的决斗，春雪，拓，千百合三人进入无限超频，开战后却不料遭遇能美的伏兵，拓学习到的新能力压制住了能美，能美讲述了关于自己心灵上的创伤，接着挟持小千威胁阿拓缴械，阿拓上当被能美几近击杀。在这时，春雪苏醒过来，挣脱了束缚自己的牢笼，但却几乎力竭。正在能美准备斩杀CyanPile的时候，BlackLotus出现化解了危机，经部署开始了各自一对一的对决。

春雪与能美进行了最终的对决，春雪凭借超常的想象力量持续压制能美，就在春雪打出最后一击的时候，千百合使用了必杀技完全恢复了能美，但意外的是，众人终于发现千百合的终极必杀技原来并非治愈能力，而是时光倒流能力，通过必杀技的升级，千百合将能美回复到了夺取春雪翅膀前的时间段，春雪重获翅膀，一举击败能美！依照约定，春雪将推进器还给SkyRaker，临别，黑雪忍不住叫住Raker，枫子，两人紧紧相拥。