就读市立见泷原中学二年级的少女鹿目圆是个出生于良好家庭，亲朋好友，有哭有笑，谁都拥有的日常生活的女孩。有一天。一名神秘转学生晓美焰的出现，让小圆开始改变了自己的命运。小圆和朋友在回家途中发现一只暗中喊求救人话的神秘生物，已经伤痕累累。追杀这个神秘生物的人，竟然是小圆认识的神秘转校生晓美焰。之后遇上小圆的同校学生巴麻美后，神秘生物透露出自己的身份。自称是“丘比”的神秘生物要少女们“和我订下契约成为魔法少女吧”。但现实远比小圆所想的越来越残酷，魔法少女的真相一再冲击着小圆想成为魔法少女的想法。