能赋予所绘图象生命的神笔少年森罗，与虫师银古相遇了。深夜，银古抓住了一名半人半虫的美丽少女。她竟是森罗已经去世的奶奶廉子。参加过“虫宴”的廉子，无法作为完整的人死去，一直在家中徘徊。为了见到廉子，森罗再次提起神笔，画出了盛满生命之酒的绿盏，使廉子以少女之躯永生。但碎盏难圆，她已永远失去了人类的生命。

小姑娘翠得了无法医治的眼病，只能住在黑房子里，少年阿齐是她唯一的朋友。在翠的引导下，阿齐也闭上了第二层眼睑，看见了黑暗中的光芒。但寄生在他们眼中的虫却因此加速繁殖起来。闻讯赶来的银古诱杀了从翠的眼中爬出的虫，却又用虫治好了翠的眼睛。用虫的眼睛看着这个世界，翠露出了略微寂寞的笑容。

在被雪覆盖的寂静山村里，村人一个接一个失聪，而真火却因为听见太多的声音无法正常生活。这一切都与寄生在他们耳中的虫有关。驱逐它们的秘密就藏在真火的体内，提示的线索则在真火母亲的遗言里。危急关头，银古终于找到了答案。他教真火捂住耳朵，听见了自己体内如熔岩般的巨响，那是比任何生命都强大的求生意志。虫终于被真火的生命之声赶出了体外。

依靠虫带来的预知梦，金将命运握在手中。可是随着噩梦不断应验，金逐渐发现了可怕的真相。原来虫带来的并非预知梦，而是将梦转化为现实的能力。当金发现是自己的梦毁了全村时，深深的自责与恐惧驱使他挥起刀，想要斩断这场无尽的噩梦。但接触过彼岸世界的人，再也无法回来了。金最终将刀刺向了自己。

被当做祭品死去的少女，因为经过的水虫而得救，因此与水虫结伴而行，虽然身体变成了虫的一部分，意识却仍渴望活下去。然而，水虫的旅程终点却是死亡。在最后的入海口里，银古终于从水虫体内救出了半透明的少女。她决心在这水虫死去的海边，依靠自己的力量活下去。而水虫的子孙们仍在林间游荡，寻找着自己的道路。

银古受少年阿轩邀请来到孤岛。这里的岛民信奉一种朝生夕死的“肉身神”。岛主为谋取私利，用昼颜花引诱女儿阿古成为“肉身神”。在阿轩帮助下，银古找到了寄生在阿古鼻中的虫。得知真相的岛民砍死了阿古的父亲。面对父亲的尸体和儿时玩伴的背影，阿古无法接受悲惨的命运，再次拿起了染血的昼颜花。也许只有在无悲无喜的生命里，她才能得到真正的幸福与平静。

银古遇见了为追寻彩虹而旅行的虹郎。虽然出身造桥世家，虹郎却毫无才能，还因名字古怪受人嘲笑。然而，痴迷彩虹的父亲“用生平所见最美丽的东西给孩子取名”的心情却打动了虹郎。他拒绝改名，踏上了寻找彩虹的漫长旅途。但是那并非彩虹，而是颜色相反的“虹蛇”，一种活着却没有意志的流体虫。银古和虹郎能找到梦幻之虹吗？顺应水流而动的“虹桥”，默默诉说着父子两代造桥匠的执着人生。

在海边小村，银古遇见了奇怪的男人白羽。自从妻子在海上迷雾里失踪后，他就一直在搜寻遗物。在银古的建议下，白羽决定忘记过去，开始新的生活。然而，跟随银古出海探查“海千山千”时，失踪三年的道子竟出现在迷雾中！抱着活生生的妻子，白羽再次选择了过去，却再也找不到回陆地的方向。而此时，道子正在他怀中渐渐化为泡末……面对无法割舍的过去和充满希望的未来，白羽会做何选择呢？

天灾之年也能丰收的小村里，每到秋天就有一人长出“瑞齿”而死。银古发现瑞齿其实是一种名为“破落之实”的虫，正在破坏自然的均衡。然而，祭司却无视银古的警告继续使用“破落之实”，甚至不惜将自己做为祭品，换取全村的幸福。面对憧憬着村庄的繁荣景象死去的祭司，银古决定打破虫师的最大禁忌。在丰收的欢庆声里，不复为人的祭司注视着这片祖先的土地，露出了幸福的笑容。

孩子们在化野医生家研磨一块极品砚台后，突然患上了无法治愈的寒病。制砚的少女錾告诉银古，用过砚台的人都已死于寒病，此后她便放弃了制砚。原来在砚台中栖息着名为“噬云”的虫，吞食空气中的水和冰，以雪或冰雹的形式降下，无法自行移动只能靠风力，长时间无云则萎缩变小，下降至地表，将自己冰冻起来，进入假死状态。自责的錾想销毁砚台，但银古和化野认为虫是无辜的，劝说她让噬云回归自然。在夏日晴空中，噬云吸收吸收空中水分降下冰雹时，女制砚师也重拾起制砚的信心。

山中出现种种异象，银古操纵“鼹虫”找到失踪的老虫师无直，发现他竟是山神。无直的妻子为了能让无直留下且与无直在一起而杀了原山神，而后无直担负起了山神的工作，但无直的妻子后来又因为受不了山的精气而死。后来无直不堪重负，为了村人的幸福，无直不顾银古的劝阻召来了“白蛇”。吃掉无直的白蛇成为了新山神，山也恢复了平衡。沉睡的山中，只有对逝者的追忆仍在初雪的寒意中袅袅不散。

孤儿阿勇被虫师奴伊收养。他发现奴伊和池塘里的鱼都只有一只眼。奴伊告诉他，寄生在“永暗”里的“银虫”夺走了他们的眼睛。目睹独眼鱼被“永暗”吞噬的景象，阿勇劝奴伊逃离。但一切都已太迟，奴伊进入了永暗。为了让阿勇活下去，奴伊教他献出左眼。重回人间时，阿勇已失去了记忆。他为自己取名“银古”，用仅剩的眼睛望着阳光，独自踏上了漫长的旅途。

在一座仅以吊桥与外界相连的山村里，传说摔落桥下的人会失去魂魄。花子在与阿全的逃婚途中失足落下峡谷，却毫发无伤。银古发现她被一种名为“伪葛”的虫寄生，可能已经死亡。唯一的希望是等“一夜桥”出现。午夜时分，伪葛开始迁移，形成了横跨山谷的一夜桥。它能否引渡这对恋人到达幸福的彼岸呢？

木助一家无法离开竹林，被认为是白竹精作祟。银古发现白竹其实是一种名为“借间竹”的虫，而木助的妻子小雪就是人虫混血儿“竹之子”。主竹的汁液养育了她，也困住了木助。看着丈夫思乡的背影，小雪流着泪砍倒了如同父亲的主竹。

银古躲避风雪时，认识了玲和春见姐弟。每当冬天粮荒时，春见就会失踪，然后带来冬天没有的野菜，一直昏睡到立春。银古告诉玲，作怪的是一种名为“空吹”的虫，并教给春见各种虫的知识。但这一回春见昏迷后却再没醒来，去调查的银古也被空吹吸走精气陷入昏迷……违反节气盛开的幻春之花，大雪中翩翩飞舞的空吹，远离尘嚣的农舍里，人与虫比邻而居，究竟会发生什么样的故事呢？

加持的母亲小夜得了奇怪的健忘症，渐渐忘记了不常接触的日常事物，惟独忘不了出门未归的丈夫。银古发现她的脑中寄生着名为“影魂”、专门吞噬记忆的虫，只能用不断重复的新鲜记忆抵抗侵蚀。可是，发现丈夫已在别处建立新的家庭，小夜终于放弃了所有抵抗，陷入沉眠，醒时已被影魂带走了包括丈夫在内的全部记忆。然而，那比生命更重要的感情却仍以不可思议的方式保存了下来……

兔泽家是负责养护虫师的通信工具“虚”的一族。因为一次意外，姐姐绪被封闭空间里夺路而逃的“虚”带往虚穴，生死不明。多年来，妹妹绮始终没有放弃寻找姐姐。为了绮让彻底死心，银古带她进入大虚穴，那是无限深广的迷宫，只有前人虫师留下的铁链可供辨识出路。被绝望吞噬的绮，要如何从彼岸世界带回孪生姐姐呢 　　“玉茧”，是两个蛹并起来的大大的茧。一般，茧是一根丝织成的，玉茧因为是两头蚕织成的，所以有两根丝，要把它拆散，重新做成两个茧，但茧房因此变薄了，虚就会乘乱逃出。 　　把信放入一号巢后，用不了多久，虚就会把信送到虫师带着的二号巢里。但是那几年都不更换，虚会在巢中渐渐扩大虚穴，总有一天会和某个地方的密室或虚穴连通，到时信就无法正常接收了。 　　虚是在现世到处营造风穴的一种可怕的虫，这一带经常会冒出虚，发现密室后就会冒出来，所以不能关上房门，误关了之后不能打开，打开后万一里面有虚的话，就会跟随逃出的虚困入虚穴，虚是无法长期待在密室外的生物。 　　光脉流经的树中冒出虚的话，就会像这样出现抗拒反应，长出虫瘤。

少年块为了成为名画师，背弃了故乡和亲人，也渐渐失去了力量。回故乡汲取灵感的他，看到的却是被自己抛弃、一片荒芜的山村和相继离世的家人。带着块的处女作“山之衣”前来调查的银古，发现这是因为与人类共生的虫“产土”大量流失造成的。在这里生长的人与虫，都不能离开赖以生长的土地。迷途知返的浪子能否得到故乡的原谅，重拾生命的画笔呢？ 　　栖息在外褂上的好像是这里的“产土”，一些土地中特有的生物，泥状的虫，不过那是在土中的形状，到地面上之后就会变成烟状。这地方发生过严重的泥石流，大量的“产土”也在那时候被一起冲走了，那些“产土”被冲走以后，发现了这件外褂并栖息在内，好像栖息着很多，“产土”无法在其他土地中生存，所以聚集起来了吧。 　　这外褂的布是用这里山上的材料做的，“产土”闻到同类的气味后会聚集起来，微量地寄存于那片土地上的植物体内，被食用后“产土”也就寄居在了动物体内，因为是哪儿都有的虫，影响不大，宿主离开土地后就会全身无力，只要回到出生地，其他的小虫就会永远予以守护。

小保姆阿吹握住一根天上垂下的丝线，就此消失在空中。救下阿吹的银古发现，她遇到的是一种名为“天边草”的虫。险遭吞食的阿吹因此游移在人虫之间，唯一能留住她的只有爱人清志郎的信念。然而，清志郎却迷失在世俗的杂念中……浩淼的星空下，追寻着“迷途之星”的男子流下的眼泪，要如何唤回那看不见的爱人？ 　　天边草，一种栖息在高空中的虫，平时就像是有尾巴的气球一样，在“光脉筋”这一特殊的土地上空游荡，以食用空中发出微光的虫子为生，晚上看起来那就像是蛇行的星星，因此别名又叫“行星”。偶尔当高空中的饵食不足时，那东西就会把钓线一般的触手伸到近地面上空，看起来就像是一根线，但动物一碰到就会被卷到高空，吞不下就被从高空中抛下，所以大部分会掉到地上摔死。 　　虫，诞生于暗处，群集于阴暗之间的生物，吹说它们是躲在阴暗处或飘在空中的小生物。

日本明治维新前后，历史的变迁尚未触及深山莽林，人类与自然仍在混沌中沉眠。在一片荒原中，住着一位名为狩房淡幽的少女，她的体内封印着“禁种之虫”。为了使虫沉睡，淡幽必须记录虫的故事，因此不能自由行动，终日与纸笔为伍。她与外界交流的唯一方法就是倾听旅人讲述杀虫的故事。然而，这些记录在《狩房文库》中的故事却只有仇恨与杀戮。直到有一天，一个白发绿眼的男子出现在她面前。听了少女的愿望后，这个名叫银古的男子开始讲述关于生命与情感的新故事。

明在结婚一年后生下了一个绿色淤泥状的东西，这个东西沿着地板的缝隙逃到了地下。一年后的一个晚上，明和她的丈夫地板下找到了一个婴儿，因为婴儿和明夫妇长相很像，便被收养，取名为“棉彦”。 　　棉彦的成长很快，喜欢吃小鱼和果实，还没到半年就长到3岁左右，只是智力和婴儿一样。但是随着这个之后，每隔半年都会从地里生出一个。三年后，长子全身长满绿斑，濒临死亡。 　　银古发现，棉彦其实是一种叫做“绵吐”的虫子，“绵”是绿色的菌状的虫，通过孢子来传播，被人的母亲生出来。刚生出来的时候是绿色淤泥状的东西，会沿着地板的缝隙逃到了地下。一年后地板下长出了“人茸”，人茸是一个婴儿的形体，但它实际并不是人的孩子，人茸的身体与绵的本体以像线一样的东西相连，他们不过是向本体输送营养的一部分。人茸在完成使命之后就会死亡，在将死之际，会从体内吐出大量“种子”。所以必须在他死亡之前杀掉他。

那光总是出现在那块岩石附近，那块岩石的下方是处叫作“龙宫”的海渊，在那儿丧生的人可以重生，样子和原来的一模一样。 　　满月时那里会浮上来一粒一粒红色的小红珠。 　　那一粒一粒中的是各种生物的“胚”，最初始的物质，吞下它的人，会怀上与沉入海中的人一模一样的小孩，说明那虫能使生物返回“胚”的形态。 　　那种虫，发光，诱捕生物，化成初始形态后排出体外。或许可以说是吞噬生物的“生存时间”的虫。 　　让一个人在生理上重生是正确的还是错误的？应该用一个只有身体上相似的人来填补生者的空白还是让亡者变成一段记忆于风中飘逝？岛上的居民有着不同的看法。幸福是怎样的，没有人说的清，也只有自己才说的清。 　　母亲拒绝死去，但她事实上已经消失了，还存在的，只有女儿，或许别人不承认，但一个人不同于其他人的，就是思想。最后女儿的话已然证实这一点，而她，也终于承认这是她的女儿而不是其他了。

野锈，通常附着在尸骸上，分解尸骸，是无害的生物，不喜欢海风，分解尸骸时会发出一种声音。繁的声音就类似于把这种声音放大了几百倍，因此，山中的“野锈”以为有食物就聚集过来，但并没吃的，所以蔓延到了活体生物上了吧。为了让人们摆脱“野锈”，繁按银古的话前往远处的山，却在半路摔下山路。繁大声呼救，但借助山谷的回音将村子的“野锈”引出村子。最终为了不再让村子受害，和铁一起在海边生活。

火种很常见，散毒的应该是极个别所拥有的习性，那东西可以让人点着火，得到火，发育成熟之后，就能用那火引诱人，吸取人的热量。但这毕竟是“伪火”，给予幼体“伪火”，幼体就不能发育成熟，用“伪火”煮的食物也会有同样的效果。因此要消灭那种草，用幽火烧就行了。

眼福，被称为梦幻之虫，据说看上一眼就能治好眼睛。 　　被看到后就寄宿眼内的虫，使眼珠在宿主死后仍继续存活，与别的生物组合，最终完全占据之后，开始逐渐疏离，这样的话，分离的时候就要到了。眼珠在自行活动，而后跳出眼眶。 　　能看到很远很远的地方，能看到无法触及的“定下的事”。逐渐能透过眼睑看到外面，能看到自己眼珠的未来。周从小失明，其父为虫师，帮她找到眼福。但重见光明的周却被“千里眼”所困扰，最后失去眼珠，得到渴望的黑暗，决定回到村子开始新的生活。

山这里是光脉流。这片土地上流淌着生命之源，混入水中，蒸发，形成雾，所以这里的雾都是有生命的，所以颜色和形状不是每天都一样。看雾就知道那片土地的状况了。略带青色的话，山气平静，适宜赶路；略带红色的话则相反。略带金色的话，山况最佳，最适宜动身。 　　这片土地以前曾是“光脉流”，但却被抛弃了，众多的虫也与之同移了，只剩下一些留在人附近的虫，孩子身体虚弱差不多是这个原因。