佛罗伦萨陷入灭城危机,洛伦佐身受重伤,美第奇家族陷入群龙无首的衰败局面。达芬奇一方面要设法扶助美第奇家族,一方面要击退帕奇家族,却可能错过寻找“叶之书”的机会。利拉奥伯爵捷足登船,暗中设伏,打算比达芬奇早一步夺取“叶之书”。
教皇西斯都四世对佛罗伦萨一直虎视眈眈,图谋不轨,达芬奇助必须凭藉智慧,解除来自教皇的威胁。帮助洛伦佐夺回佛罗伦萨。利拉奥伯爵试图利诱惑尼克,对达芬奇不利。
雅可波·帕奇被暴民杀死,教皇想以此为借口,对佛罗伦萨进行反击。佛罗伦萨即将陷入新的危机之际,达芬奇继续寻找“叶之书”的旅程。卢奎西娅潜入罗马,找到里应的人。