柯南(高山南 配音)、灰原(林原惠美 配音)及少年侦探队成员步美(岩居由希子 配音)、光彦(大谷育江 配音)、元太(高木涉 配音)随博士(绪方贤一 配音)这日露营完毕,绕道参观西多摩市新建于富士山前的日本第一双塔摩天大楼,毛利小五郎(神谷明 配音)恰也应双塔所有者——他的学妹常盘美绪之邀,携小兰(山崎和佳奈 配音)、园子(松井菜樱子 配音)参加开幕典礼。美绪介绍下,他们认识以画富士山闻名的画师如月峰水、市议员大木岩松、双塔的设计者风间英彦、天才程序员原。期间灰原的举动异常。大木提前入住B塔被害,目暮警官(茶风林 配音)着手调查发现他与美绪似有不同寻常关系,不久原亦被杀害于家中。因为现场都留有与日本画画师作画时所用的乳钵相似的小酒杯碎片,两起案件似系一人所为。柯南由小酒杯联想到灰原曾效力的、以酒名为绰号的黑暗组织,并注意到第二起案件中碎片上未沾染血迹。与此同时他找到灰原举动异常的原因,却发现她正被人追踪。而园子玩笑弄的发式令她像极了雪莉(灰原)。开幕酒会上,美绪向宾客展示如月最为宝贵的富士山画作时被杀,死相正如横亘在富士山正中的双塔的缩影图,她的身下也有一个小酒杯,不过却是完好的。地上一颗原本该呆在美绪脖子上的珍珠令柯南将目光转向如月。紧接,A楼美绪公司电脑档案所在的楼层及地下配电室发生爆炸。逃亡时刻,柯南注意到正有一支枪瞄准园子,心中给出了所有疑问的答案,但他及小兰等人最迫切需要解决的却是如何从火海逃脱。