五千年前，宇宙的最大黑暗势力-暗影大帝对太阳系有着旺盛生命体的地球发动侵略，并派出了暗影五行魔率领了55个魔灵石（魔灵石能与地球上的生命结合为暗影异能兽）来到了地球，暗影五行魔当时选中了有着高度文明的古中国作为首要毁灭的对象，太阳系的守护者-太阳星，为了预防地球被暗影势力所吞噬毁灭，于是向古中国发射了五颗光影石，这五颗光影石分别能与形成地球万物的五行元素结合，形成五套能在光和影中穿梭战斗的铠甲-光影铠甲，而能召唤这些光影铠甲的人，就是当初这五颗光影石分别落地的五个村落中的人们，不管时代的变迁，只要这些村人遗传的血液仍在，他们就能透过光影石的力量，召唤光影铠甲来执行与暗影集团的神圣战斗！
中国东北海面惊现怪兽袭击渔民事件，几乎所有的受害人都失去了某种特定的反应，简单的说就是他们的某段记忆被抹去了。一时舆论哗然，附近的渔民惶惶不安。在这种不安的环境中D市的全国钢琴比赛依旧如期举行，少年炘南一举夺得比赛冠军，顺利成为明日新星。全家准备热热闹闹为炘南庆祝，炘南却秘密来到ERP里的秘密训练基地进行格斗训练，用于对付埋藏在黑暗中的影界基地。
历史系书呆子吴启东无意之中发现异能怪兽，并被怪兽用粘液袭击。恰巧路过的炘南利用炎龙召唤器发射火晶石之光能量救下吴启东。然而铠甲勇士现身击败怪兽的过程，却被杂志社的记者小嵩抓拍到。炎龙侠一时之间名声大噪，火之铠甲的出现让他的死对头影界基地的霸王怒火中烧，影霸布下两计，一是抹去铠甲勇士后人的记忆，二是消灭铠甲。
吴启东莫名被新型异能怪兽纠缠上，炘南变身炎龙铠甲勇士挑战怪兽，救下差点丧命的吴启东。但是炘南一人难敌二怪，启东受伤住院。吴启东的住院报告上显示出他和东杉的血缘关系，东杉和美真推断启东有可能也是铠甲勇士的后人。另一方面记者小嵩追查怪兽来源时，意外发现一条重要线索，嘉新公司使用管制污染物硝酸汞……
全省钢琴大赛开赛在即，炘南和张健成为最大的竞争对手，然而张健根本没有将炘南放在眼里。炘南比赛的压力巨大，黑暗影界的攻击却越来越频繁。影霸另出恶计欲将木之铠甲的传人启东引诱到锅炉厂，然后化了木之铠甲。 还好东杉利用追踪器及时扑捉到启东的位置，东杉赶到锅炉厂时影霸的走狗丑将已经将启东五花大绑起来。
D市的一个工地里，工人正在进行“榔头王”的比赛，突然间从地下窜出一个岩石怪兽，许多工友身负重伤。发现异能的美真及时让风鹰侠东杉出动。较量之中东杉对怪兽的封印失败，怪兽趁机逃脱。东杉带回受伤的工友阿土，美真检测发现受伤的人竟是光影铠甲光影村的后人。可惜阿土血液不纯正，不具备召唤光影铠甲的能力。
郊区煤厂大量的丢煤，小嵩依照线索追查却遭到工头的阻止。小嵩怀疑黑暗组织在采矿场进行秘密破坏活动。小嵩将自己的疑虑透漏给美真，美真一行迅速展开了调查。东杉和炘南来到矿区调查，发现丑将和他携带的怪兽。双方展开了激烈的决斗，炘南和东杉联手击败了岩石怪兽，却被另一同行而来的怪兽躲过必杀帖逃回影界基地。
炘南的表妹小兰的生日就要到了，在小兰家饺子馆打工的敏慈知道小兰一心想要一条刊登在杂志上的花裙子，细心的她连夜做了一套一模一样裙子送给小兰，小兰收到后非常高兴。就在大家准备给小兰过生日之际，光影村后人阿土遭到了异能魔牛怪兽的攻击。东杉及时赶到救下阿土，炘南接到消息也迅速赶来协助。二人齐心合力对战异能魔牛怪兽。但却在战斗过程中遭受到重度污染。
无辜市民受到蚂蚁怪兽的攻击，东杉及时出手救下受害市民，眼见就要打败怪兽，却被它释放出的黑色雾气笼罩，错失进攻时机被蚂蚁兽溜走。因为异能怪兽总是能够迅速纠缠上光影村的后人，东杉和美真怀疑光影村后人身上拥有可以吸引异能兽的特殊物质，美真决定利用东杉的特殊体质作为实验体。让东杉觉得自己就好像是实验室里任人宰割的小白鼠。
炘南大败蚂蚁怪兽，救下被影界基地锁定的小女孩小细。美真认定影界基地能够快速找到光影村后人，一定是他们身上具备某种特殊的体质。美真请炘南配合自己的检查。却失望的发现炘南和东杉的体质并无相似之处。一个偶然的机会，炘南手中的可乐启发了美真，美真及时检测，发现原来光影村后人体内的气压值大大低于常人。丑将追踪到光影村后人小细，幸亏炘南及时赶到，阻止丑将将小细夺走的阴谋，但他身中怪兽包围。坤中赶到事发现场抱走小细，并通知东杉解救炘南。
炘南、东杉大败杏木怪兽和百合兽。丑将见大势已去，仓惶逃跑。逃跑之时还贼心不死的在小细身上放上追踪器。为了保护好小细，炘南将小细带到小姨的幸福饺子馆。影霸逼迫丑将再次出动，一定要将小细带回基地研究。丑将趁夜来到饺子馆抓人，炘南将丑将引到室外，却身中丑将喽啰的包围。眼看丑将恶计成功，一辆跑车疾驰而来，车上跃下一神秘男子，击倒丑将一众。来人正是小细的哥哥，黑犀铠甲的召唤者北淼。
北淼及时赶到，击溃了异能怪兽脓液兽。从丑将手中救下炘南和妹妹小细。北淼能力很高但为人傲慢，善良的敏慈很看不惯北淼目中无人的样子，两人关系有点尴尬。丑将出师不利，为了将功补过，向影霸请罪，主动请求调查北淼的背景资料。北淼觉察到敏慈对自己的不满，特地邀请敏慈吃全市最好最贵的蛋糕赔罪。却被出现的异能兽搅了兴致。
市区出现异能兽，东杉接到消息后第一时间赶到现场。东杉与此次出现的恶狼兽战斗激烈。恶狼兽行动凶狠灵敏，东杉竟然能量不足，被恶狼兽纠缠打斗的奄奄一息。东杉命悬一线，幸亏闻讯而来的炘南及时相救。正在附近陪同敏慈的北淼也迅速进入战斗状态。影霸见三个光影战士同时现身，急忙召回恶狼。美真见北淼能力出众，邀请他一同加入对抗黑暗势力的战斗，但北淼执意要做光影战士团体的领导人。
五千年前，宇宙的最大黑暗势力-暗影大帝对太阳系有着旺盛生命体的地球发动侵略，并派出了暗影五行魔率领了50个魔灵石（魔灵石能与地球上的生命结合为暗影异能兽）来到了地球，暗影五行魔当时选中了有着高度文明的古中国作为首要毁灭的对象，太阳系的守护者-太阳星，为了预防地球被暗影势力所吞噬毁灭，于是向古中国发射了五颗光影石，这五颗光影石分别能与形成地球万物的五行元素结合，形成五套能在光和影中穿梭战斗...
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走投无路的冰儿，陷入对往事的回想之中。当年冰儿被界王抓走之时曾与北淼有约，现在言犹在耳但是世事难以改变。冰儿对北淼不能履行承诺耿耿于怀，觉得自己的命运从此之后只能靠自己。然而另一边北淼也正为不能拯救冰儿，感到痛苦万分。北淼四处打探冰儿的下落，谁料冰儿早已离开界王的控制基地，下落不明。美真想让坤中回忆起受晶片控制的日子，并且希望北淼和西钊能够和解。
北淼为寻找冰儿，不惜冒险抓住丑将，逼迫丑将说出冰儿的下落并将丑将打成重伤，丑将对北淼怀恨在心，发誓报复北淼。为了击败北淼，丑将走进招魔台，并且发现恶木法的存在。恶木诱惑丑将，只要丑将忠诚的做恶木的仆人，就能得到永恒的能量和生命，丑将难敌诱惑与恶木交换了灵魂。界王意识到有人闯进基地，但他万万没想到西钊带领铠甲勇士直捣他的老巢，并且界王自身也被西钊收服。
备受同伴欺负的阿豆，总希望有谁能够借给他力量，让他变得强大。恶木和恶土适时的出现在他的面前，并且展示出他们邪恶的威力。阿豆经受不住变得强大的诱惑，成了恶护法。拥有黑暗能力的阿豆将心中多年积聚的恶气，全部化为凶狠的报复行动，对曾今欺负他的人毫不留情，并与闻讯赶来的北淼、坤中展开激战。实验室里美真和博士怀疑最近出现的怪兽来自黑暗星体，就在大家猜测异能兽的来源时，北淼却把炘南打成重伤……
敏慈和小兰到医院看望受伤的炘南，一边的小嵩不小心将炘南受伤的原因差点儿点破。北淼将炘南受伤的原因解释成实验室训练时不小心造成的，并且再一次提出由自己担当铠甲勇士的领队。邪恶护法指示异能兽攻击电厂，铠甲勇士及时赶到，北淼和西钊被组成一组，但一直对西钊不满的北淼只是在一旁观看战斗。美真从监视器中看到这幕，要求北淼出手，谁知北淼竟然将监视器击碎。
铠甲勇士再次出击，将恶金护法击退。北淼却指责西钊的迟到，是造成东杉在战斗中受伤的间接原因。西钊失去勇士们的信任。冰儿从界王基地逃脱之后一直流浪在街头，想到自己从小到大的不幸遭遇，冰儿心灰意冷不禁泪流满面，向阳递给她纸巾擦拭。小嵩得知炘南与北淼战斗时，不惜自己受伤也要手下留情的原因。而此时北淼却意外中了敌人的调虎离山计，北淼中计被训，却将满腔的怒气发给西钊。美真意外查到张健竟也是光影村的后人。
敏慈鼓励炘南将自己的音乐梦想实现，希望他能坚持走下去。炘南送敏慈回家的路上，与冰儿擦肩而过。丑将诱惑冰儿加入自己的邪恶军团，自己可以帮助冰儿实现她的愿望。冰儿在丑将的诱导下成为恶水法。一些钢琴高手为了证明自己的能力，对一举成名的炘南进行了挑战。炘南无意与王音、张健、杨军他们为敌，只是请他们到幸福饺子馆吃饺子。将一场挑战赛变为朋友之间的切磋。而另一边北淼却对西钊步步紧逼……
邪恶军团又出诡计，想借助魔菌兽污染整个城市的海水，炎龙侠出击用禅定印将其的计划阻止。黑暗护法来到海边，意图围攻炎龙，幸亏铠甲勇士的其他成员及时赶到。黑暗护法因为不能忍受一旁观战的向阳身上散发的奇怪磁场，仓皇逃离。炘南全力以赴备战钢琴比赛，知道炎龙铠甲拥有新的召唤人之后，更是决定以后不再接铠甲勇士的任务。西钊被铠甲勇士误会，开始倒向影界基地，被丑将钻空种下控制烙印。小嵩忍受不住北淼的强势，说出北淼打伤炘南的真相，但北淼毫无悔过的意思。
西钊在恶护法的威胁下临阵倒戈，变得敌我不分，狂暴异常。坤中为了阻止西钊伤害同伴被西钊打伤，自此铠甲勇士内部变得误会重重。西钊清醒后为打伤坤中后悔不已。北淼和美真为了西钊争执不下。坤中受伤后，一直为西钊是不是内奸而痛苦不堪。向阳和同学正在参观码头。魔菌兽突然发动攻击，但却在靠近向阳后，魔菌兽内部出现了能量忽高忽低的情况，向阳的奇怪磁场，引起了黑暗护法的注意。
东杉和北淼联手对阵异能兽，张健召唤炎龙铠甲也及时支援。西钊好心参加战斗后却被张健打伤，张健甚至意图摧毁雪獒铠甲，幸好东杉及时阻止。异能兽虽然最终被消灭，但是北淼对西钊的排斥却更加深了。黑暗护法察觉到终极铠甲就要出现了，并且商量尽快找出终极铠甲的召唤者，将其消灭。小嵩查询十年前孤儿院失火一事的细节，胖主妇提醒小嵩应该去找当年的消防队长了解。
张健的能力越来越强，能够迅速的将一些异能怪兽消灭。冰儿看出张健的自负，挑拨张健脱离铠甲勇士。敏慈和西钊互诉心中的秘密，成为要好的朋友。敏慈十年前目击了孤儿院的绑架事件，并在无意中害死炘南的父母。之所以留在饺子馆，就是想帮助炘南完成他父母的愿望。消防队长说出了十年前孤儿院失火的细节，原来西钊是为了救一个小女孩才被影界基地绑架。敏慈跟踪丑将发现西钊被绑架，并且教唆西钊、张健与他一统世界。
魔菌兽出现在水库进行邪恶行动，保安利用电网抵抗异能兽的进攻。就在危急时刻，张健出现封印了异能兽。正当众人打开大门准备迎接张健的时候，他突然放出异能兽让它继续进攻。众人这时才恍然大悟，原来张健才是那个真正的叛徒。小嵩拿着孤儿院老院长的信交给向阳，信中说道原来向阳就是终极铠甲的召唤者。北淼让西钊重新归队，并与炘南重归于好。炘南准备从张健哪里夺回炎龙铠甲。
炘南找到张健对决，两人战斗多时任然不分胜负。张健设计将炘南引入黑域，并在里面不断偷袭炘南。经过一场恶战炘南最终还是战胜了张健，夺回了炎龙铠甲。北淼与冰儿相遇，北淼恳求冰儿的原谅，发誓以后自己一定会好好保护冰儿。但是为时已晚，冰儿被黑暗军团注射了控制剂，北淼决定带冰儿去寻找解药。不幸北淼中了恶护法的圈套，恶护法利用超强磁力准备毁掉黑犀铠甲，这时铠甲勇士其他成员及时赶到……
为了不让黑犀铠甲被黑暗势力摧毁，炘南、东杉、西钊、坤中合力北淼解除铠甲，但五人因此身负重伤。二个月后他们才伤好出院，此时他们发现，美真在他们受伤期间为了维护正常秩序，寻找了新的铠甲勇士。新的铠甲勇士表示他们才是真正的铠甲召唤者，炘南、东杉他们五人已经成为历史，炘南五人决定尊重美真和博士的决定，交出了召唤器后五人离开实验室。而新的铠甲召唤者竟然不惜以向阳作为诱饵，企图引出黑暗护法。
美真和北淼回到孤儿院继续调查当年的事件。炘南、西钊、敏慈、向阳和小兰在公园里烤肉休闲，炘南无意中提及交通事故调查科的人，让他领会十年前父母车祸身亡时留下的文件。炘南的话让敏慈感到非常紧张。恶金护法想从向阳身上吸取终极铠甲的能量，反而促使向阳召唤出终极铠甲，被向阳差点制服，但向阳对终极铠甲的操纵不足，险些让恶金钻了空子。
西钊被恶金护法引入了黑域，频频遭到黑暗护法的偷袭。情况十分危急，但西钊拼着最后的力气还是逃脱了。敏慈约炘南来到十年前出车祸的地方，将十年前炘南父母死亡的事情经过，一五一十的讲了出来。炘南十分震惊，转身不告而别。美真发现老院长留下的一行字，和东杉再次探究，终于弄清老院长写的什么。与此同时，新水和新火也潜入孤儿院，调查向阳的身世。
新金被恶金护法打成重伤，失去了召唤雪獒铠甲的能力。但新的铠甲勇士依旧坚持利用向阳作为诱饵，围攻黑暗护法。新木将再次出现在市区的异能兽，引向向阳所在的仓库。黑暗护法发现向阳的位置，一起来到仓库，却落入新铠甲勇士们为他们设计的圈套。恶火法不惜与向阳同归于尽，幸亏西钊及时救下向阳。恶木法和恶水法狗急跳墙抓住东杉，威胁铠甲勇士。与此同时，炘南在敏慈的坦白下，知道父母死亡的真相，下决心与黑暗军团对战到底。
新火、新土、和新水竟然围攻西钊，威胁西钊不要多管闲事。闻讯赶到现场的美真对新的铠甲成员失望之极，当场解除了他们对铠甲的召唤资格。黑帝趁机绑架了向阳，炘南五人重新组合，恢复对铠甲的召唤权。炘南认为黑帝能够绑架走向阳，说明黑暗势力并未消除。原来黑帝是一个乞丐，因为捡到光影帖与黑暗护法签订了出卖灵魂的协议。为了消灭铠甲勇士，黑帝召唤远古四大恶兽，并且利用向阳企图召唤终极铠甲。
黑帝利用远古四大恶兽企图消灭铠甲勇士，炘南他们发现铠甲的必杀技对四大恶兽根本不起作用，在战斗中炘南等人的战斗力逐渐下降。敏慈在炘南和向阳的战斗中差点受伤，炘南根本不是向阳的对手，眼看炎龙铠甲就要被销毁。敏慈不顾自身安危，紧紧抱住向阳，向阳渐渐觉察到敏慈的存在，被黑帝控制的意识终于清醒。黑帝见自己大势已去，招走四大恶兽。
黑帝打开了五恶灵当初送的锦囊，谁料锦囊里面就是当年他发下的重誓。五大恶灵再次出现在黑帝的面前并进入了黑帝的身体，黑帝变成终极魔兽黑魔兽。小嵩告诉铠甲勇士，想要取得正义对抗邪恶的最后胜利，炘南、东杉、坤中、北淼和西钊五个人必须团结一致。黑魔兽出现在市中心展开大肆的破坏活动，铠甲勇士们为了阻止黑魔兽的袭击，将它引向外太空，然而黑魔兽竟渐变为巨型兽，一场艰巨的战斗等待着铠甲勇士。
魔化成巨型兽的黑魔兽威力无比，五个铠甲勇士仍然奋力抵抗，合体的能量液开始不稳定。攻击中，雪獒侠和地虎侠不幸被黑魔兽抓住，用力的挥出了宇宙，两侠用尽了力气，急速地跌落向地球。危机中，黑犀侠、风鹰侠不顾雪獒侠、地虎侠的反对，死死地抓住了他们，四侠一起跌落，在接近大气层的附近，高度摩擦出的热量让他们变成了一个火球……
