一天晚上,一个自称为延博士助手的李研究员突然出现,道出延博士失踪的这一年来,是被意欲统治世界的邪灵组织捉走并强制延博士进行神秘殒石的研究。眼看殒石可研发出足以毁坏世界的机甲战车,李研究员逃出并且将研究成果,可召唤出金属性光辉剑神的基因手镯及召唤器交给延羽。就在此时,邪灵兵驾驶着蚂蚁机甲追杀到,在危急时刻,延羽利用召唤器召唤出光辉剑神,保护了李研究员与母亲。延羽见识到光辉剑神的厉害,决定利用光辉剑神去救出父亲延博士,却不料延博士为了破坏邪恶的殒石,已安装了引爆装置决定与邪灵组织同归于尽。在延羽历经辛苦终于摆脱蚂蚁机甲的阻拦,到达实验室之时,研究室却在眼前爆炸。
实验室在延羽眼前爆炸。正当延羽认为父亲已经死去之时,却发现邪灵组织已将延博士转移,延羽下定决心要救出父亲。另一边,一个叫凌义的男孩无意中从新闻里得知一个叫林木的博士研发出一种足以对抗邪灵组织的机甲战车,决定潜进林木博士的实验室偷取机甲召唤器,却被林木博士发现,失手被捉。这时才知道凌义是林木博士的学生凌浩的弟弟。因为哥哥被邪灵组织杀害,凌义一路寻找邪灵组织为哥哥报仇。林木博士却否认凌义是凌浩的弟弟,并说真正的凌义早已在研究所内。原来那是凌义的同乡希阳,因为故乡被毁而假扮凌义寄住于此。就在这个时候,邪灵组织发现了林木博士的研究所,并前来抢夺机甲,林木博士让凌义希阳带着召唤器逃跑。危急之际,凌义召唤出水属性的碧影角鳄与邪灵兵的蚂蚁机甲对抗,拥有了机甲的凌义不顾一切要收拾邪灵兵,最终在战斗中明白这样毁坏周围一切的战斗与邪灵组织根本无异。
凌义从战斗中明白到自己的过错,并且得到了林木博士的认可。凌义与希阳带着林木博士给予的碧影角鳄与象影神兵踏上讨伐邪灵组织的征途。而另一边,延羽决定上路去寻找父亲,却遭到母亲的反对。为了不让延羽任意行动,延羽妈妈将光辉剑神的召唤器与基因手镯交到延羽的青梅竹马林嘉静手中。这时,林嘉静正要前往一个展览中心与父亲林木博士会合,因为林嘉静去世的母亲所发起搜寻绝种生物基金会找到了两种珍稀的昆虫。延羽为重新得机甲战车,一路偷偷尾随林嘉静上路。而与此同时,邪灵组织五将军之一的巴比亦收到绝种昆虫的消息,派出手下去抢夺绝种生物,并要将其研制成具强大力量的机甲战车。正当延羽与林嘉静到达展览中心之时,却发现了邪灵组织的行动。延羽欲上前阻止,无意中发现从林嘉静身上掉落的召唤器。延羽召唤出光辉剑神与邪灵组织对战,却被邪灵组织派出的双刀战螳攻击,千钧一发之际,林嘉静利用另一个召唤器召唤出飞翼武者前去救助。