天明从噩梦中惊醒，令盖聂十分担忧他愈加频繁的发病，乐观的天明却毫不畏惧。大铁椎与墨家弟兄在机关城外树林巡逻，遭遇卫庄手下暗杀集团的隐蝠袭击，同时，卫庄派出手下另一高手悄然潜入机关城。

大铁椎与隐蝠拉开了激烈的交战，紧要关头，小高忽然出现，雪女亦随之而至，另整个局势大变。天明、少羽、高月来到墨家禁地前，少羽与天明刚要进入却被徐夫子挡在门外。机关城内，小高与盖聂擦肩而过，一时间剑拔弩张，班大师急忙出面阻止两人。

卫庄统领下的秦兵想要攻入机关城，却被城外密布的陷阱、机关阻碍。加入卫庄阵营的公输仇以机关蛇逼退了墨家的机关白虎，并与卫庄商议攻占墨家机关城的办法。天明赴少羽之约出去找他，路遇小高和雪女，两人的对话令他越发迷惑于自己的身世。天明、少羽、高月三人闯入墨家剑池，天明的咒印突然发作。

卫庄已通过潜伏的手下得到了机关城部署设计图轴，公输仇断言可凭此图轴进入机关城内。天明在高月和端木蓉的救助下清醒过来，徐夫子将他们赶出炼剑池，对少羽提出的疑问也避而不答。其后，徐夫子在巡视机关城重地中央水池时遭到暗算。小高断言下手之人是盖聂，两人发生冲突之际，端木蓉挺身而出。

小高发现机关城内可能潜伏着危险的敌人，然而中央水池经过检验竟无丝毫异样，令众人颇感蹊跷，处于戒备，机关城内外加强了防守。夜已尽，天将明，一场杀机浓厚的阴霾正向机关城席卷而来。

机关城内迎来了三百年来最大的一次浩劫，迅速扩散的毒性令整个机关城陷入危机中。同时，少羽和高月前在途中遇到了潜入机关城的敌人。另一边，盖聂告诉天明，要靠自己的力量度过危险，于是天明逃脱囚禁，准备爬过悬崖峭壁。

端木蓉、天明、少羽、高月一行路遇秦兵，四人迎战之际，苍狼王忽然现身。此时，小高加入战斗，挥剑击溃一众秦兵，并打败苍狼王。不料，卫庄竟在此时出现，与小高展开了一番激烈鏖战。面对追击而来的隐蝠，端木蓉做出了孤注一掷的抉择。

班大师、小高等人进入“墨核”密室，卫庄及其手下一时间无法攻入中央大厅。公输仇送给卫庄一样“神秘大礼”，并且凭借这份“神秘大礼”助卫庄一行攻入了中央大厅。阴险毒辣的卫庄竟以墨家子弟为人质作要挟，局势陷入僵持状态。天明、少羽和高月在墨家禁地内齐心协力度过危险重重的“虎跳”，然而在他们面前是更危险的机关。

面对万丈深崖的“猿飞”，少羽最终克服自身恐高的心理，与天明、高月一起度过了危机。三人在禁地内看见了当年荆轲刺秦的壁画，心中不禁疑惑丛生。与此同时，公输仇再次使出机关兽，准备闯入禁地。

天明、少羽、高月来到“龙喉”，高月以过人的见识和冷静的头脑破解了暗藏其中的奥秘，令三人脱离险境。之后，出现在三人面前的是两条不同的道路。

天明、少羽、高月在禁地中面临侠道、王道之择，忽然出现的危急状况让三人不得不分头行动。踏入王道之室的少羽面对瞬息万变的“墨攻棋阵”，稍有差池便会触动多重机关。少羽能否赢得这盘特殊的棋局牵动着“墨核”内众人的心弦。

天明、高月进入侠道之室后被铜人阵困住，险象环生。凭借着高月的聪敏和天明的英勇，二人齐心协力攻破了铜人阵。这时候，他们无意中发现了隐藏在铜人中的秘密武器。

天明和高月离开侠道之室，不慎落入了一个神秘的地方，遇见了一个奇怪的老者。他话语间提到了关于盖聂的过去，令天明又惊又气。天明急于出去寻找盖聂，便听信那怪人的话潜入危机四伏的水中，试图打开水阀。

天明打开水阀后被水中的玄武缠住，陷入了一个诡异的梦境。与此同时，班大师恍然醒悟到卫庄的真正意图所在。为了阻止卫庄阴谋得逞，盗跖以其惊人的速度突破重围，离开中央大厅。卫庄暗中埋下的棋子却伺机下手令“墨核”内的众人陷入了险境。

天明在梦境中看到了过去所经历的事，他和聂大叔一起启程踏上荆棘之途，盖聂大战三百秦兵，之后与少羽、高月等人相遇，在医庄得到了端木蓉的帮助，而后又一同踏上前往墨家的路途。这段漫长的旅途就像一场噩梦。

盗跖冲出中央大厅后被白凤缠住，难以脱身。天明从水中出来，那奇怪老者竟对他狠下毒手，天明带着高月离开。在躲避秦兵追击时，天明、高月与少羽会合，三人无意中见到机关白虎，并合力操纵白虎解救了不敌白凤的盗跖。

天明、少羽、高月三人操纵白虎迎战公输仇的机关蛇。战斗胜利后，少羽去解救墨家子弟，天明与高月去找盖聂。小高、雪女等人与卫庄手下几个高手展开了正面交锋。天明、高月在路上遇见了神秘诡异的月神。

在卫庄将要杀害端木蓉的紧要关头，盖聂忽然现身。一场命中注定的生死对决在二人之间拉开。危急关头，端木蓉的举动深深震撼了盖聂，也燃起了他更加炽烈的怒意。再度交战，胜负已渐渐分明，这时，盖聂却不得不面对他宿命中的一劫。